El órgano supremo de la ASOCEAN es la Asamblea General de socios activos, la cual la constituímos todos los miembros. Las funciones operativas y administrativas son transferidas a un Consejo Directivo Nacional (CDN) el cual es renovado cada dos años. Dicho Consejo Directivo se apoya en comisiones (COM) las cuales actualmente son: Comisión de Honor y Justicia, Comisión Permanente del Congreso, Comisión Técnica y Comisión de Internet. El Consejo Directivo tiene la facultad de asignar comisiones específicas para algunos eventos o acciones de la asociación, o crear comites para tal efecto.

Con la finalidad de darle mayor funcionalidad a la asociación se fomenta la creación de Delegaciones (DEL), que son el instrumento mediante el cual se convoca a los miembros de la asociación residentes en alguna ciudad particular, dichos miembros integrarán la delegación y eligirán una mesa directiva constituida por un presidente, un secretario y un tesorero, que serán el vínculo de comunicación con el CDN, recibiendo todo el apoyo de éste.