Las actividades de la asociación se realizan a través de los miembros del Consejo Directivo Nacional, de las comisiones y de las delegaciones. Comisiones actuales: la Comisión de Honor y Justicia; la Comisión Permanente del Congreso; la Comisión Técnica; la Comisión de Internet (este sitio web y el Proyecto PIO); la Comisión de Difusión; la Comisión de la Bolsa de Trabajo; la Comisión de Vinculación; y la Comisión de Acuacultura y Pesca. Comisiones pasadas: Comisión para análisis del Estatuto; Comisión para el análisis de las ACIS; y Comisión para crear el Colegio de Oceanólogos.