El órgano supremo de la ASOCEAN es la Asamblea General de socios activos. Las funciones operativas y administrativas son transferidas a un Consejo Directivo Nacional (CDN) el cual es renovado cada dos años. El CDN se apoya en comisiones y con la finalidad de darle mayor funcionalidad a la asociación se fomenta la creación de Delegaciones, que son el instrumento mediante el cual se convoca a los miembros de la asociación residentes en otras ciudades y el vínculo de comunicación con el CDN, recibiendo todo el apoyo de éste.